當石墨換熱器傳熱能力降低時，應停車檢修。若石墨換熱器結垢嚴重，可采用適當的化學方法清洗；管內若因結晶物堵塞，可加熱熔融清洗，嚴禁用機械方法處理。


機械除垢法。運用各種鏟、削、刷等東西整理，并用壓縮空氣高壓水和蒸汽等合作清潔。當結垢比較嚴峻，、或悉數堵死時，可用管式沖水鉆(桶管機)清潔。
沖刷法。運用高壓水泵打出的。水通過壓力調節閥，再通過高壓軟管通至手提式噴發槍，進行噴發整理污垢。若在水中混入細石英砂作用非常好。
化學除垢。首要應對石墨換熱器結垢的物質進行化學分析，再決議選用啥溶劑清潔。通常對硫酸鹽和硅酸鹽水垢選用堿洗，碳酸鹽水垢則用酸洗，對油垢結焦可用氫氧化鈉、碳酸鈉、
洗衣粉、洗滌劑等，與水按必定份額配制清潔。選用化學清潔時有必要考慮參加緩蝕劑。通過化學清潔后，加清水循環沖刷數次，直至水呈中性停止。除以上清潔辦法外，還可選用海綿球主動清潔法。